Antes de ser museo, o monumento foi usado como capela, almacén de pólvora, oficinas da capitanía do porto, prisión etc. O museo en si foi creado por orde ministerial de 21 de marzo de 1936, sendo filial do Museo Naval da Armada, pero por mor da guerra civil foi inaugurado no ano 1944, estando dividido en dúas plantas de pequenas dimensións, a baixa, de 85 m², e a primeira, de 127 m², en total 623 m² entre os que se reparten todos os elementos que se mostran ao visitante.
Entre os seus obxectos pódense observar restos mariños fosilizados, mecanismos de artes náuticas, compases, mascaróns de proa, cadros e gravados con temática mariñeira, cartas mariñas antigas e documentos históricos.
De entre as vitrinas que conteñen estas maquetas de barcos cabe destacar especialmente un barco a vapor de pasaxeiros, o “Real San Fernando”, de construción española que realizou o seu primeiro servizo o 16 de xullo de 1817.
Sevilla 
Fósil
Vapor de rodas "Real Fernando"
Canón
Escafandro
Bergantín "San Ignacio de Loyola"
Telégrafo
