Fichier:Needleman-Wunsch pairwise sequence alignment.png
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Description
Sequences Best Alignments --------- ---------------------- GCATGCG GCATG-CG GCA-TGCG GCAT-GCG GATTACA G-ATTACA G-ATTACA G-ATTACA
The Needleman-Wunsch algorithm is a dynamic programming algorithm that finds the best possible alignments between two strings.
It takes three score parameters: match, mismatch, and gap.
Since it is a dynamic programming algorithm, the problem is solved by filling a two dimensional matrix. It requires O(nm) space and time where n and m are the lengths of the first and second string, respectively.
All best possible alignments are found by filling the matrix according to the defined score parameters.
Some optimizations of the algorithm avoid filling values distant from the diagonal, since those values are only needed for the poorest alignments.
Source code: https://gist.github.com/slowkow/508393| Description |
English: The score matrix for an alignment between GATTACA and GCATGCU. |
| Date | |
| Source | Travail personnel |
| Auteur | Slowkow |
Conditions d’utilisation
 
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Historique du fichier
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| Date et heure | Vignette | Dimensions | Utilisateur | Commentaire | |
|---|---|---|---|---|---|
| actuel | 30 septembre 2021 à 22:36 | | 480 × 480 (36 kio) | Goatsnstoats | Changed last nucleotide to G to be consistent with actual DNA strings |
| 23 juin 2014 à 01:35 |  | 480 × 480 (56 kio) | Slowkow | Reverted to version as of 23:34, 22 June 2014 | |
| 23 juin 2014 à 01:35 |  | 480 × 480 (50 kio) | Slowkow | Reverted to version as of 23:33, 22 June 2014 | |
| 23 juin 2014 à 01:34 |  | 480 × 480 (56 kio) | Slowkow | ||
| 23 juin 2014 à 01:33 |  | 480 × 480 (50 kio) | Slowkow | ||
| 3 avril 2014 à 04:04 |  | 480 × 480 (36 kio) | Slowkow | User created page with UploadWizard |
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