Məzmuna keç

DNT virusu

Vikipediya, azad ensiklopediya

DNT virusu — DNT virusu, DNT polimeraza tərəfindən təkrarlanan dezoksiribonuklein turşusundan (DNT) ibarət genomu olan bir virusdur[1]. Onları genomunda iki zəncirli DNT olanlar, iki zəncirli DNT (dsDNT) virusları və genomlarında bir DNT zəncirinə malik olanlar, tək zəncirli DNT (ssDNT) virusları adlandırmaq olar[2][3].

DNT virusları bütün dünyada, xüsusən də dəniz ekosistemlərinin mühüm hissəsini təşkil edən dəniz mühitlərində mövcuddur və həm prokariotları, həm də eukariotları yoluxdurur. DNT virusları ilk növbədə iki sahəyə aiddir: Duplodnaviria və Varidnaviria və ssDNA virusları demək olar ki, yalnız bəzi dsDNA viruslarını da əhatə edən Monodnaviria qruplarina təyin olunur.Duplodnaviria və Varidnaviriyanın mənşəyi daha az aydın olsa da, Monodnaviriyadakı viruslar bir neçə dəfə arxa və bakterial plazmidlərdən yarandığı üçün onların bir çox mənşəli olduğu görünür.

Xəstəlik törədən DNT viruslarına herpes virusları, papillomaviruslar daxildir[4].

Baltimor təsnifatı

[redaktə | vikimətni redaktə et]

Baltimor təsnifat sistemi virusları onların məlumat RNT (mRNA) sintez tərzinə əsasən qruplaşdırmaq üçün istifadə olunur və tez-tez təkamül tarixinə əsaslanan standart virus taksonomiyası ilə yanaşı istifadə olunur[5]. DNT virusları iki Baltimor qrupunu təşkil edir: Qrup I: ikiqat zəncirli DNT virusları və II qrup: tək zəncirli DNT virusları. Baltimor təsnifatı əsasən mRNT-nin transkripsiyasına əsaslansa da, hər Baltimor qrupundakı viruslar da adətən öz replikasiya üsullarını bölüşürlər. Baltimor qrupundakı viruslar mütləq genetik əlaqə və ya morfologiyanı paylaşmır[6] .

İki zəncirli DNT virusları

[redaktə | vikimətni redaktə et]

Baltimor DNT viruslarının ilk qrupu ikiqat zəncirli DNT genomuna malik olanlardır[7]. Bütün dsDNT viruslarının mRNT-si üç mərhələli prosesdə sintez olunur. Birincisi, transkripsiyanın başlanğıcı kompleksi transkripsiyanın başladığı yerin yuxarı hissəsindəki DNT-yə bağlanır və bu, ana RNT polimerazanın iştirak etməsinə imkan verir. İkincisi, RNT polimeraza cəlb edildikdən sonra, mRNT zəncirlərini sintez etmək üçün bir şablon kimi mənfi zəncirdən istifadə edir. Üçüncüsü, RNT polimeraza poliadenilasiya yeri kimi xüsusi siqnala çatdıqda transkripsiyanı dayandırır[8].

DNT virusları genomlarını təkrarlamaq üçün bir neçə mexanizmdən istifadə edirlər. Replikasiya mənşəli yerində iki replikasiya çəngəlinin qurulduğu və bir-birinin əks istiqamətində hərəkət etdiyi iki istiqamətli replikasiya geniş istifadə olunur. Dairəvi genom ətrafında bir döngədə irəliləyərkən xətti zəncirlər əmələ gətirən yuvarlanan dairə mexanizmi də geniş yayılmışdır[9]. Bəzi dsDNT virusları bir zəncir zəncirinin şablon zəncirindən sintez olunduğu, daha sonra isə tamamlayıcı zəncir dsDNT genomunu meydana gətirərək əvvəlki sintez edilmiş zəncirdən sintez olunduğu zəncir dəyişdirmə metodundan istifadə edir. Nəhayət, bəzi dsDNA virusları replikativ transpozisiya adlanan prosesin bir hissəsi kimi replikasiya olunur, bu yolla ev sahibi hüceyrənin DNT-sindəki virus genomu ev sahibi genomunun başqa bir hissəsinə təkrarlanır[10] .

Tək zəncirli DNT virusları

[redaktə | vikimətni redaktə et]
Köpək parvovirusu ssDNT virusudur.

DNT viruslarının ikinci Baltimor qrupu tək zəncirli DNT genomuna malik olanlardır[11]. DNT virusları dsDNT virusları ilə eyni transkripsiyaya malikdir. Bununla belə, genom tək zəncirli olduğundan, ev sahibi hüceyrəyə daxil olduqdan sonra əvvəlcə DNT polimeraza tərəfindən ikiqat zəncirli formaya çevrilir. mRNT daha sonra ikiqat zəncirli formadan sintez olunur[12]. ssDNA viruslarının iki zəncirli forması ya birbaşa hüceyrəyə daxil olduqdan sonra, ya da genomun təkrarlanması nəticəsində yarana bilər. Eukarotik ssDNT virusları nüvədə təkrarlanır[13].

Əksər ssDNA virusları yuvarlanan dairə replikasiyası (RCR) vasitəsilə təkrarlanan dairəvi genomları ehtiva edir[14]. ssDNT RCR müsbət zəncirlə bağlanan və onu parçalayan bir endonükleaz tərəfindən başlanır, DNT polimeraza mənfi zəncirdən replikasiya üçün şablon kimi istifadə etməyə imkan verir. Replikasiya pozitiv zəncirinin 3'-ucunun uzadılması, əvvəlki müsbət zəncirinin yerdəyişməsi yolu ilə genom ətrafında bir döngədə irəliləyir və endonükleaz dairəvi döngəyə bağlanan müstəqil bir genom yaratmaq üçün müsbət zəncirini yenidən parçalayır. Yeni ssDNT qablaşdırıla və ya transkripsiya və ya replikasiya dövrünün davamı üçün ikiqat zəncirli forma yaratmaq üçün DNT polimeraza ilə təkrarlana bilər[15] .

Virusların Taksonomiyası təsnifatı

[redaktə | vikimətni redaktə et]

Üç DNT virus qrupu tanınır: Duplodnaviria, Monodnaviria və Varidnaviria[16].

Duplodnaviriya

[redaktə | vikimətni redaktə et]
Duplodnaviria virionlarının təsvir edilmiş nümunəsi

Duplodnaviria, HK97 qatına malik olan əsas kapsid zülalını (MCP) kodlayan dsDNT viruslarını ehtiva edir[17]. Sferaya iki qrup viruslar daxildir: prokariotları yoluxduran və Caudovirales sırasına aid edilən quyruqlu bakteriofaqlar və heyvanları yoluxduran və Herpesvirales sırasına aid olan herpesviruslar[18].

Monodnaviriya

[redaktə | vikimətni redaktə et]

Monodnaviria, yuvarlanan dairələrin replikasiyasını və bu cür viruslardan törəyən bütün digər virusları başlatan endonükleazını kodlayan ssDNT viruslarını ehtiva edir. Aləmin prototip üzvləri CRESS-DNT virusları adlanır və dairəvi ssDNT genomlarına malikdir. Xətti genomlu ssDNT virusları onların nəslindəndir və öz növbəsində dairəvi genomlu bəzi dsDNA virusları xətti ssDNA viruslarından törəyir.

Monodnaviriyadakı viruslar bir neçə dəfə arxeal və bakterial plazmidlərdən, ev sahibinin içərisində özünü çoxaldan bir növ ekstraxromosomal DNT molekulundan yaranmışdır. Plazmidlərin DNT-sini və RNT viruslarının kapsid zülallarını kodlayan tamamlayıcı DNT-ni birləşdirən rekombinasiya hadisələrindən yaranmışdır.

Varidnaviriya

[redaktə | vikimətni redaktə et]

Varidnaviriyada dəniz virusları bütün dünyada yayılmışdır və quyruqlu bakteriofaqlar kimi dəniz ekologiyasında mühüm rol oynayır. Ən çox müəyyən eukarotik DNT virusları qrupuna aiddir. Varidnaviriyada xəstəlik törədən viruslara adenoviruslar və Afrika donuz taunu virusu daxildir. Tibb tarixində çox yoluxdurucu olmuşdur, xüsusən də çiçək xəstəliyinə səbəb olan Variola virusu. Bir çox varidnaviruslar ev sahibinin genomunda endogenləşə bilər; özünəməxsus misal, ev sahibini yoluxdurduqdan sonra ev sahibini digər viruslardan qoruya bilən virofaqlardır.

İstinadlar

[redaktə | vikimətni redaktə et]
  1. ↑ "dsDNA templated transcription". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. 20 sentyabr 2020 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 24 sentyabr 2020.
  2. ↑ Rampersad 2018, p. 66
  3. ↑ Fermin 2018, pp. 36–40
  4. ↑ "dsDNA bidirectional replication". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. 15 yanvar 2022 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 24 sentyabr 2020.
  5. ↑ Bernstein H, Bernstein C. "Circular and branched circular concatenates as possible intermediates in bacteriophage T4 DNA replication". J Mol Biol. 77 (3). 5 iyul 1973: 355–361. doi:10.1016/0022-2836(73)90443-9. PMID 4580243.
  6. ↑ International Committee on Taxonomy of Viruses Executive Committee. "The New Scope of Virus Taxonomy: Partitioning the Virosphere Into 15 Hierarchical Ranks". Nat Microbiol. 5 (5). may 2020: 668–674. doi:10.1038/s41564-020-0709-x. PMC 7186216 (#bad_pmc). PMID 32341570 (#bad_pmid).
  7. ↑ "Replicative transposition". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. 25 sentyabr 2020 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 24 sentyabr 2020.
  8. ↑ Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH. "Create a megataxonomic framework, filling all principal/primary taxonomic ranks, for dsDNA viruses encoding HK97-type major capsid proteins" (docx). International Committee on Taxonomy of Viruses (ingilis). 18 oktyabr 2019. 16 oktyabr 2022 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 24 sentyabr 2020.
  9. ↑ Krupovic, M; Dolja, VV; Koonin, EV. "The LUCA and its complex virome" (PDF). Nat Rev Microbiol. 18 (11). 14 iyul 2020: 661–670. doi:10.1038/s41579-020-0408-x. PMID 32665595 (#bad_pmid). 27 oktyabr 2020 tarixində arxivləşdirilib (PDF). İstifadə tarixi: 24 sentyabr 2020.
  10. ↑ Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH. "Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins" (docx). International Committee on Taxonomy of Viruses (ingilis). 18 oktyabr 2019. 16 oktyabr 2022 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 24 sentyabr 2020.
  11. ↑ Weidner-Glunde M, Kruminis-Kaszkiel E, Savanagoudar M. "Herpesviral Latency—Common Themes". Pathogens. 9 (2). fevral 2020: 125. doi:10.3390/pathogens9020125. PMC 7167855 (#bad_pmc). PMID 32075270 (#bad_pmid).
  12. ↑ "Virus latency". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. 23 may 2020 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 24 sentyabr 2020.
  13. ↑ Andrade-Martínez JS, Moreno-Gallego JL, Reyes A. "Defining a Core Genome for the Herpesvirales and Exploring their Evolutionary Relationship with the Caudovirales". Sci Rep. 9 (1). avqust 2019: 11342. Bibcode:2019NatSR...911342A. doi:10.1038/s41598-019-47742-z. PMC 6683198. PMID 31383901.
  14. ↑ O'Leary JJ, Kennedy MM, McGee JO. "Kaposi's sarcoma associated herpes virus (KSHV/HHV 8): epidemiology, molecular biology and tissue distribution". Mol Pathol. 50 (1). fevral 1997: 4–8. doi:10.1136/mp.50.1.4. PMC 379571. PMID 9208806.
  15. ↑ Malathi VG, Renuka Devi P. "ssDNA Viruses: Key Players in Global Virome". VirusDisease. 30 (1). mart 2019: 3–12. doi:10.1007/s13337-019-00519-4. PMC 6517461. PMID 31143827.
  16. ↑ "Polyomaviridae". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. 20 fevral 2022 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 24 sentyabr 2020.
  17. ↑ Kauffman KM, Hussain FA, Yang J, Arevalo P, Brown JM, Chang WK, VanInsberghe D, Elsherbini J, Sharma RS, Cutler MB, Kelly L, Polz MF. "A Major Lineage of Non-Tailed dsDNA Viruses as Unrecognized Killers of Marine Bacteria". Nature. 554 (7690). 1 fevral 2018: 118–122. Bibcode:2018Natur.554..118K. doi:10.1038/nature25474. PMID 29364876.
  18. ↑ "ssDNA Rolling circle". ViralZone. Swiss Institute of Bioinformatics. 29 dekabr 2021 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 24 sentyabr 2020.
Mənbə — "https://az.wikipedia.org/w/index.php?title=DNT_virusu&oldid=8989613"